Phần một

Magic Knight Rayearth nói về ba nữ sinh lớp tám: Hikaru Shidō (獅堂 光, Shidō Hikaru?) cứng cỏi và nghịch ngợm như con trai, Umi Ryūzaki (龍咲 海, Ryūzaki Umi?) nóng tính, và Fū Hōōji (鳳凰寺 風, Hōōji Fū?) thông minh. Trong một lần đi tham quan tháp Tokyo với trường của mình, ba cô gái bị cuốn vào Cephiro – một thế giới khác nơi pháp thuật hiện diện và ý chí chiến thắng tất cả. Sự yên bình của Cephiro được duy trì nhờ ý chí của người Trụ cột – Công chúa Emeraude – thông qua những lời cầu nguyện của mình. Các cô gái được giao nhiệm vụ đi giải cứu công chúa khỏi tay kẻ bắt cóc là Thần quan Zagato.

Nhờ có Mokona dẫn đường, ba cô gái đã tìm thấy phép thuật có trong chính họ, và đánh thức ba Ma thần (魔神, Mashin?) dưới hình dạng robot khổng lồ. Sau khi tìm diệt được Zagato, ba cô gái mới biết rằng Emeraude đã yêu Zagato, khiến công chúa không còn khả năng chỉ tập trung cầu nguyện cho sự bình yên của Cephiro được nữa. Vì vậy, công chúa đã tự giam mình lại và triệu tập các Hiệp sĩ Ma pháp tới để giết mình, vì không một ai ở Cephiro có thể làm hại người Trụ cột. Sau đó, bóng tối trong người công chúa thắng thế và bắt đầu chiến đấu để trả thù các Hiệp sĩ Ma pháp vì đã giết người mình yêu. Phòng vệ không được, chẳng còn cách nào khác, các Hiệp sĩ Ma pháp phải giết công chúa. Sau đó, họ thấy mình được đưa trở lại Tokyo.

Phần hai

Phần hai nói về những rắc rối nảy sinh sau cái chết của Công chúa Emeraude. Một năm sau, ba nhân vật nữ chính vẫn còn dằn vặt vì vai trò của họ trong cái chết của công chúa. Khi gặp lại nhau ở tháp Tokyo, họ lại bất ngờ được đưa tới Cephiro, nhưng lần này, Cephiro xinh đẹp xưa kia đã hoàn toàn biến mất, chỉ còn một phần nhỏ còn lại là tòa lâu đài, nơi những người sống sót trú ẩn. Nếu như một người Trụ cột mới không được chọn lựa, toàn bộ hành tinh này sẽ bị hủy diệt. Trong lúc đó, ba hành tinh thù địch là Autozam – một hành tinh phát triển cao về kỹ thuật, mong muốn sử dụng chế độ Trụ cột để giúp giảm bớt sự ô nhiễm, Fahren – hành tinh của Công chúa Aska, muốn xâm chiếm Cephiro để biến nơi này thành thế giới theo ý thích của mình, và Chizeta – một hành tinh nhỏ bị quá tải dân số, nên hai chị em công chúa Tatra và Tarta muốn biến Cephiro thành thuộc địa.

Các Hiệp sĩ Ma pháp đều cho rằng vận mệnh của hành tinh Cephiro không nên là nhiệm vụ của chỉ một người, vì điều này sẽ khiến người đó không bao giờ có thể sống và yêu một cách tự do, như công chúa Emeraude. Hơn nữa, nếu một người Trụ cột mới được chọn lựa, khi có điều gì đó cản trở người đó chỉ tập trung cầu nguyện cho sự yên bình của Cephiro, người đó sẽ lại triệu tập các Hiệp sĩ Ma pháp mới tới Cephiro để giết mình, khiến vòng sự kiện này lặp đi lặp lại không có điểm kết thúc. Có một số người khác cũng chia sẻ ý nghĩ này với các hiệp sĩ, đặc biệt là Lantis – Kiếm sĩ Ma pháp duy nhất của Cephiro và là em trai của Zagato, cũng vì những lý do này mà muốn loại bỏ chế độ Trụ cột.

Cuối cùng, hai ứng cử viên được Mokona chọn lựa là Hikaru và Eagle Vision – chàng trai ốm yếu đến từ Autozam, bạn của Lantis, vì Lantis mà muốn kết thúc chế độ Trụ cột bằng giấc ngủ ngàn thu của mình. Mokona chính là người kiến tạo nên Cephiro và các luật lệ nơi đây, sau khi chứng kiến bản chất bạo lực và tàn phá của những con người trên tạo vật trước đây của mình – Trái Đất. Chính Mokona đã đưa ba cô gái trở lại Cephiro. Cuối cùng, Hikaru trở thành người Trụ cột mới của Cephiro, đưa Eagle Vision trở lại Cephiro với sự giúp đỡ của Fū và Umi, cho dù Mokona khăng khăng chỉ cho một người trở lại. Hikaru sau đó loại bỏ chế độ Trụ cột, quyết định rằng số phận của hành tinh này không thể chỉ là trách nhiệm của duy nhất một người. Mokona chấp nhận quyết định này và rời đi cùng với ba Ma thần. Manga kết thúc với chuyến quay lại Cephiro để thăm những người thân yêu của ba cô gái.

Khác biệt so với bản anime

Phần một của anime khá trung thành với nguyên tác, ngoại trừ việc thêm vào nhân vật Inouva cùng một số câu chuyện phụ khác. Phần hai của anime thì có nhiều khác biệt đáng kể. Đáng chú ý nhất là sự xuất hiện của hai nhân vật phản diện chỉ có trong anime: Nova và Debonair. Cả hai đều được sinh ra từ sự bất an trong nội tâm của con người, Nova là từ nội tâm của Hikaru, còn Debonair từ nội tâm của những người dân Cephiro sau cái chết của công chúa Emeraude. Các Ma thần cũng cho các cô gái biết rằng chính ý chí của họ đã đưa họ trở lại Cephiro. Người mà Umi cảm mến trong anime là Đạo sĩ Clef – điều trong truyện không nhắc đến. Vai trò của Alcyone cũng bị giảm đi đáng kể. Sierra cũng là nhân vật chỉ xuất hiện trong anime. Một số câu chuyện phụ cũng được thêm vào. Khác với nguyên tác manga, trong anime, sau khi ba cô gái quay trở về Tokyo, họ không quay trở lại thăm Cephiro nữa.